UBUNTU R软件包

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安装

要获得最新的R3.6包,请添加一个

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu disco-cran35/

或者

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu cosmic-cran35/

或者

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/

或者

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/

或者

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty-cran35/

在/etc/apt/sources.list文件中,通过使用https://cloud.r-project.org将自动重定向到附近的镜像,查看https://cran.r-project.org/mirrors.html以获得当前CRAN镜像列表。

要获得最新的R3.4包,请添加一个

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/

或者

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

在/etc/apt/sources.list文件中,通过使用https://cloud.r-project.org将自动重定向到附近的镜像,查看https://cran.r-project.org/mirrors.html以获得当前CRAN镜像列表。

要安装完整的R系统,请使用


sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base

需要从源[中编译R包的用户,软件包维护者,或任何使用install.packages()]安装软件包的人也应安装r-base-dev软件包:

sudo apt-get install r-base-dev

Ubuntu的R包的行为与Debian一样,你可以在Debian README文件中找到其他信息,位于https://cran.R-project.org/bin/linux/debian/

安装和编译一些软件包可能需要"backports"仓库中的Ubuntu软件包。 因此,建议使用如下条目激活backports存储库,

deb https://<my.favorite.ubuntu.mirror>/ bionic-backports main restricted universe

在/etc/apt/sources.list文件中有关Ubuntu镜像列表,请参阅https://launchpad.net/ubuntu/archivemirrors

支持的软件包

一些R软件包可以从Ubuntu存储库中获得,名称从r-cran-开始,下面的代码是在CRAN上进行的: 所有包都是r推荐包的一部分,

  • r-cran-boot
  • r-cran-class
  • r-cran-cluster
  • r-cran-codetools
  • r-cran-foreign
  • r-cran-kernsmooth
  • r-cran-lattice
  • r-cran-mass
  • r-cran-matrix
  • r-cran-mgcv
  • r-cran-nlme
  • r-cran-nnet
  • r-cran-rpart
  • r-cran-spatial
  • r-cran-survival

以及

  • r-cran-rodbc

其他r-cran-*软件包仅通过Ubuntu版本更新,需要更新其中一个R包(说r-cran-foo )的用户应该首先确保获得所有需要的构建依赖项。

sudo apt-get build-dep r-cran-foo

因为它们依赖于已安装的R版本,我们还提供了以下包的版本,如Ubuntu版本允许:

  • 较小
  • python-rpy2
  • jags

请注意,维护人员不一定自己是这些包的用户,因此通过通常的频道(请参见下面)可以反馈。

最后,为了通过Emacs与R交互的Ubuntu用户,我们还提供了一个最新版本的包,

  • ess

安全APT

注意:在Ubuntu公钥服务器上找到了一个第二个密钥,详细信息以及如何删除可在以下位置找到http://rubuntu.netlify.com/post/changes-to-cran-ubuntu-webpage-regarding-apt-secure-key/

CRAN的Ubuntu存档用"Rutter marutter@gmail,com"的密钥签名,密钥ID 0x51716619e084dab9,要使用一个命令将密钥添加到系统中,请使用(感谢Brett Presnell的提示):

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

可以使用备用方法检索密钥,方法是

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

然后将它输入apt键

gpg -a --export E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | sudo apt-key add -

有些人报告了使用这种方法的困难,这个问题通常与防火墙阻塞端口11371有关,如果第一个gpg命令失败,你可能想尝试(感谢Mischan Toosarani的提示):

gpg --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

然后将它输入apt键

gpg -a --export E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | sudo apt-key add -

另一种方法是在http://keyserver.ubuntu.com:11371/搜索键,并且将密钥复制到纯文本文件,例如,key.txt 。 然后,将密钥输入apt键

sudo apt-key add key.txt

R包的管理和Maintances

和R推荐包的R包部分被安装到目录/usr/lib/R/library.中,这些软件包可以使用apt-get with更新,


sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade

Ubuntu附带的其他r-cran-*包安装在目录/usr/lib/R/site-library.中。

安装没有Ubuntu的软件包首先需要工具来从源代码编译软件包。 这些工具是通过R开发包安装的,

sudo apt-get install r-base-dev

这就引出了编译R包的基本要求。 然后,本地用户/管理员可以从CRAN源包安装R包,通常使用R来源从R内部安装

> install.packages()

功能或者使用

R CMD INSTALL

如果您在/usr/local/lib/R/site-library/中具有正确的写入权限,并且尚未手动设置R_LIBS_USER,则会在那里安装它们。否则,系统将询问您是否应为这些软件包创建主目录中的目录。可以使用以下方式完成此类本地编译包的例行更新

> update.packages(.libPaths()[1])

它将更新库路径的第一部分中的包。 你可以通过以下方式查看此路径的组件

> .libPaths()

如果你想更新通过Ubuntu软件包管理系统安装的R软件包,这些软件包安装在/usr/lib/,下的某个地方,那么我建议你使用Ubuntu最新版本的源代码包,或者使用我的PPA cran2deb4ubuntu -https://launchpad.net/~marutter/archive/ubuntu/c2d4u或https://launchpad.net/~marutter/archive/ubuntu/c2d4u3.5取决于你使用的R版本。

R包的路径

为了查找包,R查看变量R_LIBS_USER和R_LIBS_SITE 。 在Debian和Ubuntu上,R_LIBS_USER是在/etc/R/Renviron中设置,

R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/$platform-library/3.5'}

其中$platform是类似'x86_64-pc-linux-gnu'的,取决于安装的R的版本。 你可以在你的~/.Renviron.中重写这个 R_LIBS_SITE在/etc/R/Renviron中设置为

R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

这意味着如果你同时安装了两个版本,从R安装的包会优先于通过Ubuntu包管理系统安装的包。

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